Die Führung Itinerari Segreti, zu Deutsch die geheimen Wege, erschliesst jene Teile des Palazzo Ducale, die mit dem normalen Eintrittsticket verschlossen bleiben. Während die regulären Besucher die Prunkräume der Republik Venedig durchwandern, führt diese Tour in die Hinterzimmer der Macht, in denen einst Verwaltung, Justiz und Geheimdienst des Stadtstaats organisiert wurden. Der Kontrast zwischen den repräsentativen Sälen und diesen schlichten, oft engen Funktionsräumen macht den besonderen Reiz der Führung aus. Zu den Stationen gehören die feuchten Bleikammern unter dem Dach, die sogenannten Piombi, in denen Gefangene unter dem heissen Bleidach gehalten wurden, das Büro des Notars sowie die Räume des berüchtigten Rats der Zehn, des mächtigen Sicherheitsgremiums der Republik. Diese Räume erzählen von der Funktionsweise eines Staates, der Verwaltung und Überwachung eng miteinander verband, und geben einen Einblick in die weniger glanzvolle, aber prägende Seite Venedigs. Die Tour dauert rund 75 Minuten und ist nur mit Voranmeldung möglich, da die Gruppengrösse begrenzt ist. Angeboten wird sie auf Italienisch, Englisch und Französisch. Im Anschluss können die Teilnehmenden in der Regel den regulären Rundgang durch den Dogenpalast auf eigene Faust fortsetzen, sodass sich beide Perspektiven, die offizielle und die verborgene, miteinander verbinden lassen. Wegen der engen, steilen Treppen und niedrigen Durchgänge ist die Führung nicht barrierefrei und für Menschen mit eingeschränkter Mobilität nur bedingt geeignet. Kinder sind erst ab etwa sechs Jahren zugelassen. Wer sich für die Geschichte und die Machtstrukturen der Republik Venedig interessiert und bereit ist, sich in beengten Räumen zu bewegen, erhält hier einen Zugang, der über den üblichen Besuch deutlich hinausgeht. Plätze sollten frühzeitig gebucht werden, da die Tour beliebt und in der Teilnehmerzahl beschränkt ist.
Die Sonderführung führt in einer kleinen Gruppe durch die sonst verschlossenen Funktionsräume des Palazzo Ducale. Stationen sind unter anderem die Bleikammern (Piombi) unter dem Dach, in denen Gefangene gehalten wurden, das Büro des Notars sowie die Räume des Rats der Zehn, des mächtigen Sicherheitsgremiums der Republik Venedig. Eine fachkundige Begleitung erläutert, wie Verwaltung, Justiz und Überwachung im Stadtstaat organisiert waren. Im Anschluss lässt sich der reguläre Rundgang durch die Prunkräume auf eigene Faust fortsetzen.